특허 조사·분석, R&D 비용과 동일 적용
특정시설 9개, 中企 세액공제와 통합
자율주행·AR 등 뉴딜 기술 공제 확대
엔젤투자 소득공제 2022년까지 연장

정부가 한국판 뉴딜, 벤처투자를 활성화하기 위한 세법개정안을 마련했다. 코로나19 조기 극복을 위해 투자에 물꼬를 트고 신성장동력을 뒷받침하겠다는 포석이다.

우선 중소기업의 특허 조사·분석(IP R&D) 비용을 기존 연구개발(R&D) 비용과 동일 적용해 혁신성장 발판을 마련한다. 최근 급부상한 '한국판 뉴딜' 관련 기술에도 신성장기술 세액공제를 적용해 최대 12% 공제해준다. 신생 스타트업 기업의 자금유치 전략 중 하나인 '엔젤투자금액' 소득공제 기한도 2022년까지 연장 조치했다.

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정부는 22일 서울 명동 은행회관에서 세제발전심의위원회를 열고 이 같은 내용의 2020년 세법개정안을 발표했다.

정부는 중소기업 IP R&D 비용을 R&D 비용 세액공제 대상에 포함하기로 했다. 특허를 보유한 중소기업은 “조사·분석을 통해 효율적인 R&D 수행 및 특허창출이 가능하나, 중소기업은 비용부담 문제로 특허 수행이 미흡하다”는 지적이 나왔다.

정부는 IP R&D 비용에 대해 R&D 비용 세액공제를 적용할 경우 기업부담이 줄 것으로 기대하고 있다. 무엇보다 특허분쟁 증가로 기술 선도국가의 IP R&D 비용 지원 사례가 늘고 있어서다.

일례로 2013년 미국 아웃도어 업체 A사는 한국의 기능성 섬유 전문기업 B사에 대해 특허분쟁을 제기한 바 있다. 이에 대응하는 국내 영세기업의 부담은 크다. 해외의 경우 미국 20%, 프랑스 32.5%, 영국 16% 등으로 세액공제를 적용하고 있다.

기재부는 “중소기업의 전략적 R&D 지원을 위해 IP R&D 비용을 연구·인력개발비(R&D 비용) 대상에 추가했다”며 “기술·제품개발 단계 이전에 IP R&D를 실시함으로써 기존 특허와 중첩되지 않는 기술·제품개발 및 특허 창출을 유도한다”고 설명했다.

앞으로 기업은 R&D 비용에 대해 당기분 방식과 증가분 방식 중 큰 금액을 세액공제 받을 수 있다. 당기분 방식은 중소기업의 당해연도 R&D 비용에 세액공제율인 중소기업 25%를 적용하고, 증가분 방식에서는 당해연도 R&D 비용에서 전년도 비용을 차감한 후 세액공제율 50%를 적용한다.

◇뉴딜 관련 신성장기술 세액공제 반영

내년부터는 특정시설 투자세액공제 9개 (R&D 설비, 생산성 향상 시설, 안전 설비, 에너지절약 시설, 환경보전 시설, 5G 이동통신 시설, 의약품 품질관리 시설, 신성장기술 사업화 시설, 근로자 복지증진 시설)를 중소기업 투자세액공제와 통합해 시행한다.

세제실 관계자는 “일부 특정시설에 한정(포지티브 방식)된 세제지원 대상을 원칙적으로 모든 사업용 유형자산(네거티브 방식)으로 대폭 확대한다”고 밝혔다.

또 당기분 기본공제(대기업 1%·중견 3%·중소 10%)에 더해 투자증가분에 대한 추가공제를 신설함으로써 투자증가 기업에 대한 인센티브 강화했다.

직전 3년 평균 대비 투자 증가분(기본공제+추가공제)에 대해서는 대기업 4%, 중견기업 6%, 중소기업 13%의 높은 공제율 적용한다.

또 내년부터 한국판 뉴딜 등 신산업 투자에 대한 세제지원책으로 포함해 적용한다.

현재 조세특례법상 신성장·원천기술(12대 분야 223개 기술)을 대상으로 일반투자보다 높은 기본공제율(대기업 3%, 중견 5%, 중소 12%)을 적용 중이다.

관계부처는 시행령을 개정해 자율주행, 증강현실(AR)·가상현실(VR) 등 디지털·그린 뉴딜 추진 기반이 되는 기술을 최대한 반영할 계획이다.

신성장기술 사업화 시설 투자 적용요건도 대폭 완화하기로 했다.

신성장·원천기술을 사업화하는 시설일 경우에 대상이 된다. 기존 규정인 △전체 R&D 비용이 매출액의 2% 이상 △전체 R&D비용 중 신성장·원천기술 R&D 비용이 10% 이상 △상시근로자 수 유지 등을 삭제했다.

한국판 뉴딜 지원을 위한 공모 인프라 펀드 세제지원도 신설한다. 공모 인프라 펀드 '사회기반시설에 대한 민간투자법'에 따른 사회기반시설사업 운영법인에 투자하는 펀드다.

정부는 펀드 배당 소득에 14% 분리과세를 하고, 종합소득 합산에서 배제해주는 방식을 적용한다.

◇엔젤투자 소득공제 2022년까지

정부는 엔젤투자(개인들이 돈을 모아 창업하는 벤처기업에 필요한 자금을 대고 주식으로 그 대가를 받는 투자형태) 소득공제 적용기한을 늘린다. 현재 벤처기업 투자자에 대해 투자금액의 10~100% 범위에서 소득공제(종합소득금액의 50%)해주고 있다.

현행법은 벤처투자조합 출자 등에 대한 소득공제 조항을 두고 개인이 직접 또는 개인투자조합을 통해 벤처기업에 투자할 경우 그 금액에 대한 소득공제 혜택이 올해 말 종료될 예정이다.

따라서 엔젤투자 소득공제 및 창업자 등에의 출자주식 양도세·증권거래세 비과세 적용기한이 2022년까지 연장된다.

이는 벤처 업계가 기재부에 직접 건의했던 사안이기도 하다. 유정희 벤처기업협회 부소장은 “신생 스타트업이 엔젤투자를 통해 자금유치를 하기 때문에 업계 투자활성화 측면에서는 유리하다”고 설명했다.

정부는 지난 6월 하반기 경제정책방향에서 발표한 대로 '벤처캐피털'이 '소재·부품·장비(소부장) 중소기업'에 출자 시 주식양도차익·배당소득을 비과세하기로 했다.

대상은 '소부장 산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법'에 따라 선정된 특화 선도기업이자 중소기업에 한정한다. 중소기업특별세액감면 적용기한도 2년 연장한다. 코로나19로 인한 중소기업 경영 어려움 등을 감안한 조처다.

중소기업으로서 46개 업종에 대해 소재지·업종규모별로 소득세·법인세를 5∼30% 세액감면하고 있다. 지난해 신고기준으로 117만개 업체에 적용해 약 2조원 규모 세수를 감면해줬다.

정부는 중소·중견기업의 원활한 납품대금 수령을 지원하기 위해 상생결제 지급금액에 대한 세제지원 적용기한도 2년 연장한다. 중소·중견기업이 상생결제제도(대기업이 발행한 매출채권을 1차 이하 협력기업이 동일한 할인율로 활용하는 제도)를 통해 중소·중견기업에 지급한 구매대금의 0.1~0.2% 세액공제하기로 했다.

수출기업 지원을 위해 중소·중견기업에 대한 수입 부가가치세 납부유예 적용요건도 완화한다. 기업이 수입시 세관에 부가가치세를 납부할 의무를 유예하고, 세무서에 반기별로 부가가치세 신고시 납부해주고 있다. 중소기업의 경우 '수출 비중 30% 이상 또는 수출액 100억원 이상'에서 '수출 비중 30% 이상 또는 수출액 50억원 이상'으로 기준을 완화한다. 중견기업은 '수출 비중 50% 이상'에서 '수출 비중 30%'로 기준을 조정한다.

기재부는 “수출 중소·중견기업이 수입시 납부하는 부가가치세를 세무서에 납부유예해 기업의 자금부담을 완화한다”고 설명했다.

모든 반도체 제조용 유량조절기에 대해 낮은 관세율을 적용할 방침이다. 현재 '액압식 또는 공기식'은 3%, '전기식'은 8% 관세율을 적용하고 있다.

반도체 제조장비간 과세형평 제고를 위해 '전기식' 유량 자동조절기에 대한 관세율을 8%에서 3%로 인하한다.

유재희기자 ryuj@etnews.com