연구개발비·연구인력 동반 감소…효과 큰 조세지원은 일부 제도 편중
통합혁신세액공제 신설·연구인력 세제지원 확대 필요성 제기
중소기업 연구개발(R&D) 활동이 최근 3년 새 뚜렷한 위축세를 보인 것으로 나타났다. 기업부설연구소 수가 5500개 이상 감소한 데 이어 연구개발비와 연구인력도 줄어들었다. 기술혁신 투자 회복을 위해 조세지원제도를 전면 개편해야 한다는 목소리가 커지고 있다.
한국산업기술기획평가원(KEIT)이 최근 발간한 '중소기업 기술혁신 촉진을 위한 조세지원제도 개선 방안' 보고서에 따르면 중소기업 연구소 수는 2022년 4만2525개에서 2025년 3만6953개로 5572개 감소했다. 감소율은 13.1%에 달한다.
연구개발비와 연구인력도 감소세다. 중소기업 연구개발비는 2022년 21조7466억원에서 2024년 20조9346억원으로 8120억원 줄었다. 같은 기간 연구원 수도 23만6280명에서 22만5894명으로 1만386명 감소했다.
이처럼 중소기업 R&D 기반이 약화되는 상황에서 조세지원제도 중요성은 더욱 커지고 있다는 분석이다. 중소벤처기업부와 중소기업중앙회 조사 결과 중소기업이 활용하는 기술개발 지원제도 가운데 세제지원 활용률은 20.6%로 가장 높았다. 자금지원(17.6%), 기술정보 제공(7.4%), 기술인력 지원(2.3%), 판로지원(2.0%)을 모두 웃도는 수준이다.
특히 R&D 조세지원은 중소기업일수록 투자 촉진 효과가 큰 것으로 분석됐다. OECD에 따르면 R&D 조세지원을 1단위 추가할 때 R&D 투자 증가 효과는 소기업 1.6, 중기업 1.4, 대기업 0.4 순으로 나타났다. 동일한 재정을 투입할 경우 R&D 조세감면이 직접 지원보다 R&D 투자 확대 효과는 5.3배, 연구인력 증가 효과는 4.3배 높다는 연구 결과도 제시됐다.
문제는 현행 조세지원제도가 일부 제도에 지나치게 집중돼 있다는 점이다. 중소기업의 연구·인력개발비 세액공제 활용 실적은 2024년 기준 1조4413억원으로 전체 기술혁신 조세지원 가운데 가장 큰 비중을 차지했다. 통합투자세액공제 역시 4485억원 규모로 활용됐다.
반면 연구개발 관련 출연금 과세특례, 기술이전 및 대여 소득 과세특례, 기술혁신형 주식취득 세액공제 등은 활용 실적이 30억원에도 미치지 못했다. 공제율이 높은 신성장·원천기술과 국가전략기술 분야 역시 활용도가 낮은 것으로 조사됐다.
중소기업 지원 비중도 줄고 있다. 연구·인력개발비 세액공제에서 중소기업 비중은 2021년 49.1%에서 2024년 46.9%로 2.2%포인트 하락했다. 기술혁신형 합병 및 주식취득 세액공제 역시 같은 기간 11.6%에서 6.4%로 감소했다.
업계는 중소기업 R&D 회복을 위한 '중소기업 통합혁신세액공제' 신설 필요성을 제기한다. 연구·인력개발비 세액공제에 기술취득, 경영성과급, 근로소득 증대 관련 항목을 통합해 연구혁신과 인재혁신을 함께 지원하자는 취지다.
중소벤처기업 연구인력 장기근속을 유도하기 위한 세제지원 확대 요구 목소리도 높다. 연구전담요원의 연구활동비 소득세 비과세 한도를 근속연수에 따라 현행 월 20만원에서 최대 월 100만원까지 확대하고, 벤처기업 성과조건부주식에도 스톡옵션에 준하는 과세 혜택을 부여해야 한다는 주장이다.
노민선 중소벤처기업연구원 중소기업정책연구실장은 “중소기업 기술혁신 조세지원은 R&D 투자 촉진 효과가 크지만 제도 활용이 일부 항목에 집중돼 있고 중소기업 지원 비중은 오히려 낮아지고 있다”며 “연구혁신과 개방형 혁신, 인재혁신을 포괄하는 방향으로 조세지원 체계를 재설계할 필요가 있다”고 말했다.
이어 “창업 초기 기업의 경우 결손 등으로 납부할 세액이 없어 세액공제 혜택을 충분히 활용하지 못하는 경우가 많다”며 “사용하지 못한 R&D 세액공제 금액을 세금포인트로 전환해 원천징수세나 부가가치세 납부 등에 활용할 수 있도록 하는 방안도 검토할 필요가 있다”고 덧붙였다.
성현희 기자 sunghh@etnews.com
