과기부, 출연연 연구개발사업 법인세 면제

　그동안 논란을 빚은 정부 출연연들의 국가연구개발사업에 대한 법인세가 면제된다.

　과학기술부는 재정경제부와 협의해 지난 2000년부터 법인세 과세대상에 포함돼 있던 정부 출연연의 연구개발사업에 대해 앞으로는 법인세를 내지 않기로 했다고 9일 밝혔다.

　이에 따라 2001년 기준으로 정부 출연연의 법인세 감면효과는 연간 257억원에 달할 것으로 추산되며 실질적으로 연구개발예산의 확대효과를 가져올 전망이다.

　이만기 과기부 기획조정심의관은 “납부의무연도인 2000년부터 현재까지 추산해볼 때 약 700∼800억원의 법인세 면제효과를 거둘 수 있을 것으로 예상된다”며 “세금 면제효과와 더불어 정부수탁과제에 대해 세금계산서를 발급하지 않아도 되기 때문에 출연연의 행정부담도 줄어들 것으로 기대된다”고 말했다.

　한편 국세청은 지난 98년 12월 법인세법 시행령을 개정해 법인세 과세대상사업의 범위를 ‘상업적 연구개발업’에서 ‘계약 등에 의해 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업’으로 확대해 2000년부터 비영리기관인 정부 출연연이 수행하는 국가연구개발사업도 법인세를 납부토록 한 바 있다.

　하지만 정부 출연연은 이 같은 국세청의 방침에 대해 정부 출연연의 국가연구개발사업 수행은 기본적으로 민간기업처럼 영리를 목적으로 하는 것이 아니므로 과세대상에서 제외시켜 줄 것을 요구해왔다. 또 이익이 발생하더라도 민간기업처럼 주주에게 배분하지 않고 연구개발에 재투자하거나 이익이 회계처리 장부 상 비현금성인 경우가 대부분으로 이익이 발생해도 실제로 현금이 없어 세금을 납부하기 위해서는 정부의 지원이 필요하다며 법인세 납부를 미뤄왔다.

　<권상희기자 shkwon@etnews.co.kr>