정부기관이 운영하는 전자정부 시스템 보안관리가 시스템 중요도에 따라 차별화된다. 일반에 공개되는 홈페이지는 방화벽 수준으로 관리한다. 반면에 내부 데이터가 포함된 업무처리 시스템은 암호화 등 보안장치를 강화한다.