KERI는 연구 분야를 크게 톱다운 과제, 창의 과제, 기초·원천 과제, 장기육성 전문화 과제 네 가지로 분류해 그 목적과 방향에 맞게 지원한다.

이중 톱다운 과제는 대형 성과 창출을 목표로 기본사업 예산에서 30% 이상을 우선 배정하는 핵심 연구 분야다.