기업부설연구소 제도를 악용해 각종 세제 혜택을 받는 사례가 여전한 것으로 드러났다. 허위로 연구자를 등록하거나 기업 규모가 커졌는데도 이를 신고하지 않고 혜택을 유지하기도 했다.

기업부설연구소는 민간 연구개발(R&D) 활동을 촉진하기 위해 도입했다. 대기업은 10명, 중견기업은 7명, 중기업은 5명, 소기업은 3명, 벤처기업은 2명 등의 연구 전담 인력과 이에 맞는 연구 공간을 확보해야 한다. 지난해 기준 기업부설연구소는 6만6363개다. 기업부설연구소는 4만394개(61%), 연구개발 전담 부서는 2만5969개(39%), 연구 전담 인력은 총 37만1965명에 이른다.

기업부설연구소로 인정되면 '기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률'에 따라 국세·지방세·관세 감면, 자금·인력 지원 등 각종 혜택을 받는다. 이들 연구소는 2017년까지 5년 동안 국세 13조1740억원, 지방세 2427억원, 관세 933억원 등 13조5100억원의 세제 감면 혜택을 받았다.

연간 수조원의 혜택을 받고 있지만 자격 요건 등을 어기며 연구소 지위를 이어 가는 부실 사례가 계속 이어지고 있다.

감사원이 지난 6월 실시한 '기업부설연구소 인정 및 사후 관리 실태' 감사 결과에 따르면 900여개 업체 총 1만7532명의 연구 전담 요원 부정신고 의심 사례가 적발됐다.

그런데 문제는 기업연구소 인정과는 달리 이에 대한 사후 관리는 제대로 이뤄지지 않는다는 점이다. 천문학적 세제 혜택을 주는 이유는 그만큼 기업 발전에 R&D가 중요하기 때문이다. 그렇다면 이에 대한 사후 관리 역시 이에 못지않게 중요하다.

매년 민간연구소 통계 발표가 빠지지 않는다. 발표될 때마다 사상 최대, 세계 몇 위 등의 수식어도 따라붙는다. 그만큼 질적·양적으로 많이 성장했다.

이제는 그에 대한 사후 관리와 부실 연구소를 걸러낼 수 있는 대책도 필요한 시점이다. 부적격 연구소에 대한 직권 취소는 물론 부당 이익 환수 및 과징금 징수, 형사 처벌 등의 제도를 신설하거나 개선해야 한다. 그래야 기업부설연구소가 세제 혜택을 받기 위한 수단이 아닌 진정한 기업 R&D 거점이 될 수 있다.